डीएई ने हमेशा राष्ट्रीय स्तर पर सहयोग को प्रोत्साहित किया है और अपनी फंडिंग एजेंसियों के माध्यम से अपने अधिदेश के अनुरूप अनुसंधान के लिए धन मुहैया कराया है। फंडिंग एजेंसियों ने एक सहयोगात्मक दृष्टिकोण पर जोर दिया है जिसमें प्रत्येक परियोजना में मुख्य अन्वेषक के अलावा डीएई के भीतर से एक प्रमुख सहयोगी होता है। एचबीएनआई की स्थापना के साथ, एचबीएनआई और संस्थानों और विश्वविद्यालयों के बीच सहयोग के औपचारिक समझौतों पर हस्ताक्षर करके शैक्षणिक संस्थानों के साथ सहयोग को और मजबूत किया गया है। एचबीएनआई ने निम्नलिखित संस्थानों/विश्वविद्यालयों के साथ औपचारिक समझौता ज्ञापन पर हस्ताक्षर किए हैं।
होमी भाभा राष्ट्रीय संस्थान और अन्य संस्थानों के बीच समझौता ज्ञापन